Non ci sono notizie sulle origini di Caposele. Poeti e storici come Omero, Virgilio, Plinio e Strabone parlano, comunque, del fiume Sele nei loro scritti. Secondo un'ipotesi il nome Caposele deriva dalle sorgenti del fiume Sele. Altri studiosi, prendendo come punto di riferimento il monte Paflagone, sostengono che coloni greci provenienti da Poseidonia ne determinarono l'origine. Secondo l'Antonini, la nascita di Caposele potrebbe risalire al periodo delle lotte romane con le tribù sannitiche.
Ad ogni modo, quale che sia la sua origine, di certo i primi abitanti costruirono le loro dimore ai piedi del monte dove una copiosa quantità di polle sorgive - circa 100 - formavano un laghetto prima di dare origine con salti e cascatelle ad uno spumeggiante fiume diretto verso Posidonia (Paestum).
Di certo la ragione di tutto questo fu il beneficio che la gente poteva trarre dall'acqua. Fino a poco tempo fa sul primo tratto del fiume si potevano ancora vedere mulini, gualchiere e frantoi. Un altro agglomerato di case si trovava certamente a mezzo miglio dalle sorgenti, là dove il fiume rallentava il suo corso per la presenza di un falso pianoro.
All'inizio dell'XI sec. Caposele era già territorio del Principato di Salerno, poi Principato Citra. Le prime notizie di un feudo e un probabile castello risalgono al periodo normanno, probabilmente al 1160, quando Filippo di Balvano (o Balbano) ne divenne il proprietario.
Nel corso dei secoli, il territorio passò nelle mani degli Svevi e degli Angioini. Sotto gli Aragonesi, una parte, probabilmente la zona chiamata Capodifiume, venne data a Jacopo Sannazzaro. Nel 1416 la regina Giovanna II di Napoli affidò le entrate del feudo ad Antonio Gesulado . E fu con Luigi II Gesualdo che Caposele raggiunse il suo grande vigore. Così nel 1494 Caposele ottenne il titolo di "Universitas" cioè di Comune autonomo in grado di eleggere liberamente un sindaco per alzata di mano dei suoi abitanti e di amministrare la giustizia. Un grande privilegio questo dato ai sudditi, che, nel frattempo, scelsero anche un santo patrono, San Lorenzo, per la chiesa madre ed uno stemma per il proprio comune.
Nel XVII sec. il territorio di Caposele passò ai Ludovisio che l'acquistarono e rivendettero più di una volta. Tutto ciò spesso li costrinse a lasciare il castello. Allora comunità religiose e confraternite occuparono l'intera zona, le chiese aumentarono di numero e famiglie di estrazione ed origine diversa si affiancarono sempre più ai casali intorno alla Chiesa e alle proprietà private.
La peste del 1656 ed il terremoto del 1694 sfortunatamente decimarono il borgo. Nel 1714 fu nominato principe della Terra di Caposele Inigo Rota, lo stesso che pose i suoi boschi a disposizione di S. Alfonso quando c'era bisogno di legna per costruire la Basilica di Mater Domini. Nel 1771 il territorio passò nelle mani di Carlo Lagni, marito di Ippolita Rota, figlia di Inigo.
Nel 1806 una legge francese abolì la feudalità, così i signori preferirono la vita mondana di Napoli alle rupestri montagne del borgo.
Nel XVIII sec. Caposele aveva comunque già assunto l'attuale caratteristico assetto di un paese con il suo castello, gli agglomerati dei suoi notabili fuori le mura, l'area di Capo di Fiume, il casale di Pianello, le Grotte, ecc.